MPTS는 지분성격의 증권으로, 차입자가 상환한 원리금이 유동화기관을 거치지 않고 투자자에게 그대로 이체(전달)되며, 조기상환위험·채무불이행위험도 투자자가 부담한다. 반면 MBB는 채권성격의 증권으로, 유동화기관(발행자)이 모기지 풀을 담보로 채권을 발행하고, 차입자가 상환한 원리금은 발행자에게 귀속되며 투자자에게는 약정된 채권 조건대로 별도로 지급된다 — 이 구조 때문에 MBB 투자자는 조기상환위험이나 채무불이행위험을 부담하지 않으며, MPTS보다 현금흐름이 안정적이다. MBB 발행자는 신용보강을 위해 초과담보를 제공하는 것이 일반적이다.
MPTB(mortgage pay-through bond)는 발행자가 저당권(모기지 풀의 소유권)을 보유한 채 차입자가 상환한 원리금 지급만 투자자에게 이체하는 혼합형 증권으로, 채무불이행위험은 발행자가 부담하고 조기상환위험은 투자자가 부담한다. CMO(collateralized mortgage obligation)는 상환우선순위와 만기가 서로 다른 다수의 트랜치(tranche)로 구성되어 트랜치별로 위험과 현금흐름이 다르게 배분되는 증권이다. 채권시장의 수익률(금리)이 상승하면 고정이자를 지급하는 MBS의 가격은 하락하며, 가중평균상환기간(duration)이 긴 MBS일수록 금리 변동에 따른 가격 변동폭이 더 크다.